Ich würde Dir raten, erst nach dem Factory Reset und dem Löschen sämtlicher zusätzlicher (nicht im Kernel enthaltenen Daten) mit dem Full Wipe das Smartphone zu rooten.

Hast Du ja schon beschrieben

Das Zurückspielen der Programme via Kies würde ich allerdings lassen, da durch das rootenevtl. das eine oder andere Programm nicht mehr laufen könnte...

Besser (auch wenn's aufwendiger ist) alles manuell neu einspielen/installieren.

Persönliche Daten wie Adressbuch, Lesezeichen etc. kannst Du einfach wieder draufspielen - hierfür kannst Du aber auch den nehmen

Ansonsten bist Du für Dein Projekt im XDA-Forum sehr gut aufgehoben

1. wieso das Update via Kies, wird keins per OTA angeboten ? [OTA=Over-the-Air]
2. ist OK
3. Du willst den CyanogenMod über die normale "Stock Android recovery" Flashen, wie erstellst Du dann dein Backup ?
4. Perform a full wipe on your device. Select "wipe data/factory reset" and "wipe cache partition." Then select "advanced > wipe Dalvik cache."

http://au.ibtimes.com/articles/531094/2 ... -i8160.htm

So, heute habe ich mich endlich getraut und Android 4.1.2 über Samsung Kies installiert und diese Version daraufhin erfolgreich gerootet!

Nun stellt sich mir aber direkt die Frage: Wie kann ich nun unerwünschte System-Apps deinstallieren und womit mache ich am besten ein Backup des ganzen Android-Systems, damit ich wichtige System-Apps, die ich aus Versehen deinstalliert habe, im Notfall wiederherstellen kann?

Für ein komplettes Backup kannst Du entweder über die CWM-Methode (siehe Beitrag von tutifruti) gehen, oder Du nimmst das hier:
https://play.google.com/store/apps/deta ... ckup&hl=de

Also ich habe mit TB-root nach den letzten System-Updates (auf 4.4.2 und 4.4.4) keine Probleme mit dem Wiederherstellen gehabt!
SystemApps hatte ich allerdings generell nie deinstalliert - lediglich deaktiviert und zurückgesetzt (Daten gelöscht)...

Ja, ich habe die Apps lediglich deaktiviert und die Daten gelöscht - Auf meinem Xperia Z nimmt der verbleibende Rest nämlich nicht allzu viel Platz weg
Schau doch einfach mal, ob Du im XDA-Forum auch ein Minimal-Image (also ohne Bloatware) findest ^^

Da du dein Handy gerootet hast, rate ich dir noch zu folgendem :

(siehe auch )
(xposed Modul)