Die Dateinamen sollten in Anführungszeichen gesetzt werden.
Also
FILE "all1.ape" WAVE
Ob der angegebene Dateityp ganz am Ende überhaupt eine Rolle spielt ist mir nicht klar. Normalerweise erkennt das Programm den Dateityp an der Dateiendung, deswegen dürfte die Angabe im Cue-Sheet relativ egal sein.

Hier noch ein Link:

Warum man Cue Sheets in Verbindung mit MP3 oder OggVorbis einsetzen sollte erschliesst sich mir nicht.
Image + Cue Sheet ist nur für CD-Images in verlustfreien Formaten üblich, ansonsten verwendet man normalerweise einzelne Dateien.

FILE "all1.mp3" MP3 sollte funktionieren. Bei OggVorbis habe ich das noch nicht ausprobiert. Funktioniert möglicherweise auch nicht.